Innengestaltung der Pfarrkirche
Im Zuge der Renovierung wurde auch die Innenausstattung der Kirche völlig neu gestaltet. Dazu entwickelte der Münchner Bildhauer Michael Veit eine künstlerische Gesamtkonzeption, die alte Elemente mit neuen verbindet.

Retabel und Christkönig
Die Kirche St. Johann Baptist ist eine Wegkirche und eine Auferstehungskirche, d.h. vom Eingang im Westen her läuft alles auf den zentralen Scheitelpunkt im Osten zu, dorthin, wo die Sonne aufgeht, wo Christus auferstand und wo im Altarraum vor dem goldenen Retabel die erhöhte Christkönigfigur steht. Das Retabel symbolisiert den Vorhang im Tempel von Jerusalem, der bei Jesu Tod entzweiriss und den Blick auf das Allerheiligste freigab. Die Farbe Gold ist Hinweis auf die Gegenwart und die Herrlichkeit Gottes. Die Darstellung des Christkönigs mit seinen einladend ausgebreiteten Armen vermittelt eine hoffnungsfrohe Sicht. Sie lädt den Betrachter ein, bei IHM zu verweilen, die Stille in SEINER Gegenwart wahrzunehmen. „Wer die Kirche betritt, wird unweigerlich mit den Augen nach vorne gezogen, hin zum neu gestalteten Altarraum. Gerade an sonnigen Tagen leuchtet dem Betrachter das Licht der Auferstehung entgegen. Das ist gewollt und drückt in sinnenfälliger Weise die Grundbotschaft unseres Glaubens aus. Christus ist auferstanden, er lebt und wir mit ihm." (Msgr. Wolfgang Bischof)

Fenster mit Seligpreisungen
„Beleuchtet" wird dieses Geschehen von vier Fenstern in der Apsiswand. Diese scheinen im wahrsten Sinne des Wortes auf. Mit dem durchscheinenden Licht verbindet sich eine Botschaft: die acht Seligpreisungen aus dem Matthäusevangelium.
Für den Künstler Michael Veit sind die Seligpreisungen die Umsetzung von Kreuz und Auferstehung für die, die in der Nachfolge Jesu Christi stehen. Das sind wir als Gemeinde, die wir uns zum Gebet, zur Meditation und zur Feier der Eucharistie versammeln.
„Die Seligpreisungen" - so Benedikt der XVI. - „rufen uns in die Gemeinschaft mit Christus hinein. Aber eben wegen ihres verborgenen christologischen Charakters sind sie auch Wegweisungen für die Kirche, die in ihnen ihr Maßbild erkennen muss - Wegweisungen für die Nachfolge, die jeden Einzelnen berühren, wenn auch - gemäß der Vielfalt der Berufungen - in je verschiedener Weise." So gesehen beleuchten die Öffnungen in der Apsiswand, das was im Kirchenraum dargestellt und gefeiert wird: Christus ist auferstanden, er lebt und wir mit ihm.

Altar, Priestersitz und Ambo
Die liturgischen Orte Altar, Priestersitz und Ambo fügen sich in die Gesamtkonzeption ein. Sie sind unverrückbar. Christus ist gegenwärtig im Altar, im Wort und im Priester. Der Altar steht im Zentrum, der Priestersitz, der erhöht ist, damit die Gemeinde den Priester sehen kann, steht zentral dahinter und der Ambo, der Altar des Wortes, wächst aus der Apsis heraus und stellt die Verbindung zur Gemeinde her. Der Altarstein ist in goldfarbenem Metall gefasst, denn der Altar symbolisiert Christus als Mitte der Gemeinde und ist Ort der Mahlgemeinschaft. Der Ambo trägt das Wort Gottes wie auf Händen aus goldenem Metall.

Tabernakel
Der Tabernakel - Ort der stillen Anbetung - steht nicht zentral, sondern seitlich, damit er für die Gemeinde gut sichtbar ist. Er ist Zeichen dafür, dass Gott mit uns geht wie die Feuersäule durch die Nacht der Wüste. Die Stele ist bewusst einfacher gestaltet, um auszudrücken, dass hier ein verborgenes Geheimnis bewahrt wird.

Maria und Josef
Links und rechts des Altarraums sind die Holzfiguren der hl. Maria und des hl. Josef auf goldfarbenen Metallfassungen angebracht. Der Bildhauer Michael Veit nennt sie Vorbilder und Fürbitter der Menschen auf dem Weg durch die Zeit.

Reliefs an den Seiteneingängen
Die beiden Halbreliefs neben den Seiteneingängen stellen den hl. Johannes Bosco und den seligen Johannes XXIII. dar. Sie schaffen eine Verbindung zu den beiden Pfarrhäusern, dem Roncalli-Haus und dem Don-Bosco-Haus.

Deckenfresken
Die Deckengemälde wurden von Georg Gschwendtner im Jahr 1941 gemalt. Bei der Reinigung der Fresken konnte im Apsisbereich eine Übermalung abgetragen und das ursprüngliche, wertvollere Gemälde freigelegt werden. In der Apsis sind ein Lamm mit sieben Siegeln, umgeben von einem Strahlenkranz, und die vier Evangelisten dargestellt. Im Kirchenschiff ist die Taufe Jesu abgebildet, im Hintergrund die Gröbenzeller Kirche. Auf dem Deckenbild über der Orgel ist die Enthauptung des Johannes zu sehen.