Als erstes Gotteshaus in Gröbenzell fungierte eine Baracke aus dem ehemaligen Kriegsgefangenenlager in Puchheim. Die Baracke wurde, mit einem Türmchen versehen, zur Notkirche umfunktioniert und am 29. August 1920 eingeweiht.
1922 wurde die Kirchengemeinde Expositur (Filialkirchengemeinde der Pfarrei Olching).

Im Jahre 1923 zählte man 652 Katholiken; dazu kamen zahlreiche evangelische Christen, für die 1924 ein eigener Gottesdienstraum in der Schule eingerichtet wurde.
Für die ständig wachsende Gemeinde Gröbenzell wurde diese Notkirche bald zu klein. Und so wurde 1925, forciert durch den unermüdlichen Einsatz des Olchinger Pfarrers Friedrich Pfanzelt und des aus Gröbenzell stammenden Pfarrers und späteren Prälaten Georg Böhmer, eine stattliche Kirche errichtet.

Am Kirchweihfest desselben Jahres wurden drei Glocken geweiht und bereits an Allerheiligen wurde die neue Kirche zu Ehren des hl. Johannes des Täufers von Erzbischof Michael Kardinal Faulhaber feierlich konsekriert.
Das Gotteshaus wurde nach Plänen des Architekten Schormiller aus Pasing gefertigt. Den Bau leitete Alois Böhmer. Die Innenausstattung wurde dem Gröbenzeller Bildhauer Michael Rummer übertragen. Sie konnte nur in Abständen durchgeführt werden, je nach Höhe der verfügbaren Gelder. So kam es, dass der Hochaltar erst an Pfingsten 1940 aufgestellt wurde. Von 1941 an, immer wieder durch den Kriegseinsatz des Künstlers Georg Gschwendtner verzögert, wurden die Deckengemälde der Kirche vollendet. Sechzehn Jahre blieb St. Johann Baptist einfache Expositur. 1938 wurde sie zur Kuratie umgewandelt; erst 1942 erfolgte die Erhebung zur Pfarrei.

Ecclesia "semper reformanda"
Nach 35 Jahren war die Kirche so baufällig (insbesondere der Kirchenboden, die Heizung und die Elektroinstallationen), dass man sich zu einer vollkommenen Renovierung des Kircheninnenraumes gezwungen sah. Eine eigene „Aktion Innenrenovierung" wurde ins Leben gerufen, bei der sich 194 Personen verpflichteten, periodisch bestimmte Geldbeträge auf das Baukonto einzuzahlen. Dem Architekt Geißler aus Gröbenzell wurde die Planung und Bauleitung übertragen. Für die Gestaltung des Altarraumes konnte der in Gröbenzell ansässige Bildhauer und Künstler Hubert Elsässer gewonnen werden.
Die Renovierungsarbeiten wurden im Dezember 1976 zum großen Teil abgeschlossen. Am 16. Januar 1977 weihte Weihbischof Heinrich Graf v. Soden-Fraunhofen den neuen Altar.

Aus einzelnen Gebäuden wird ein Zentrum
1991 wurde das alte Pfarrheim abgerissen und die Kirche wurde zusammen mit dem Pfarr- und Jugendheim in den Gesamtkomplex eines Pfarrzentrums eingebunden.
Der Architekt Hans H. Rost und der Künstler Hubert Elsässer schufen mit dem „Kreuzgang" und dem Brunnenhof eine harmonische Verbindung zwischen den einzelnen Gebäuden als geistlich-spirituelles und gemeindlich-geselliges Zentrum unserer Pfarrgemeinde.

Im Brunnenhof finden regelmäßig die Pater-Brown-Tage und der Adventmarkt statt. Nach den Sonntagsgottesdiensten treffen sich Gemeindemitglieder zum gemeinsamen Ratsch beim Kirchencafé und der Arbeitskreis Weltkirche bietet fair gehandelte Waren an. Pfarrliche Stehempfänge zu Jubiläen, Verabschiedungen und anderen Anlässen finden im Brunnenhof ebenfalls ein ansprechendes Ambiente.

St. Johann Baptist erstrahlt in neuem Glanz
Bei der Betrachtung des düster gewordenen Kircheninneren wurde den Verantwortlichen in den 90er Jahren bald klar, dass eine erneute Renovierung anstand. So wurden immer wieder Anträge zur Renovierung der Pfarrkirche gestellt, die aber vom Erzbischöflichen Ordinariat zurückgestellt wurden. Schon bei den ersten Untersuchungen der Bausubstanz wurden erhebliche Mängel festgestellt: Die Bodenplatte der Apsis drohte unter der Last des Altars zu brechen und die unzulänglichen Heizungs- bzw. Lüftungsanlagen erwiesen sich durch übermäßige Kondenswasserbildung als Hauptverursacher des Schmutz- und Russbelages auf den Innenwänden der Kirche. In einer langen Planungs- und Genehmigungsphase gelang es nach zähen Verhandlungen mit dem Ordinariat, dem 2003 gegründeten Kirchenbauverein die Baulastpflicht des Ordinariates vertraglich zu übertragen, so dass dieser als Bauherr über die finanzielle wie auch die konzeptionelle Entscheidungsbefugnis verfügte. Erst 2005, nachdem der Kirchenbauverein rund 50 Prozent der Baukosten, die insgesamt über eine Million Euro betrugen, als Spenden gesammelt hatte und das Baureferat des Erzbischöflichen Ordinariates eingewilligt hatte, das Projekt mit einer ebenso hohen Summe zu bezuschussen, konnte mit der Sanierung des Kircheninneren gemäß den Planungen des Architektenbüros Klein und Sänger begonnen werden. Während der Bauzeit von rund 7 Monaten fanden die Gottesdienste in der Turnhalle der Ährenfeldschule und im Altenheim St. Anton statt.

Am 9.12.2006 weihte Kardinal Friedrich Wetter den neuen Altar. In den anschließenden sieben „Tagen der Begegnung" feierte die Pfarrgemeinde ihr neues „Schmuckkästchen" (so benannt von Kardinal Wetter). Für die Neugestaltung des Kirchenraumes entwickelte der Münchner Künstler Michael Veit zusammen mit Msgr. Wolfgang Bischof ein künstlerisches Gesamtkonzept, das alte Elemente mit neuen verbindet. 2008 vervollständigte der Künstler die Innengestaltung der Kirche mit einem neuen Kreuzweg und den Halbreliefs des seligen Papst Johannes XXIII. und des heiligen Johannes Don Bosco.

Im selben Jahr wurde das Geläut im Kirchturm von St. Johann Baptist um eine neue vierte Glocke erweitert. Sie wurde nach dem hl. Georg benannt und soll damit an Prälat Georg Böhmer erinnern. Die Friedrichs-, Michaels- und Aloysiusglocke sind den anderen Förderern der Kirche, Prälat Friedrich Pfanzelt, Kirchenpfleger und Baugrundspender Michael Böhmer sowie Baumeister Alois Böhmer gewidmet. 2009 wurde schließlich das Dach renoviert.